جلسه دفاع پایان نامه: علیرضا زرنگاه، حشره شناسی کشاورزی
جلسه دفاع پایان نامه علیرضا زرنگاه با عنوان «پیش بینی محاسباتی شبکه برهمکنش سه جانبه پروتئین-پروتئین میان سکرتوم های Wolbachia ,Diaphorina citri (Hem.:Psyllidae) و Candidatus Liberibacter asiaticus با تاکید بر مسیر های سیگنالینگ حشره میزبان» ۲۴ تیر ۱۴۰۵ برگزار می شود.
ارائه دهنده : علیرضا زرنگاه
استاد راهنما: دکتر محمد مهرابادی
استاد راهنمای دوم: دکتر سعید محرمی پور
استاد مشاور: منصور کریمی جشنی
تاریخ : 1405/۴/24
ساعت :۱۵
مکان:سالن سمینار ۲
چکیده:
پسیل آسیایی مرکبات (Diaphorina citri) به عنوان ناقل اختصاصی باکتری CLas، عامل ویرانگر بیماری گرینینگ، نقشی کلیدی در اپیدمیولوژی این بیماری ایفا میکند. در این سامانه زیستی، درونهمزیستهایی مانندWolbachiaاز طریق برهمکنشهای پیچیده مولکولی، بر سازگاری ناقل و توانایی انتقال بیمارگر تاثیر مستقیم میگذارند. درک دقیق این شبکه سهجانبه مستلزم بررسی روابط پروتئینهای ترشحی (سکرتوم) در سطح سامانهای میباشد تا مکانیسمهای پاسخ میزبان بهدرستی تبیین گردد. پژوهش حاضر با استفاده از روشهای محاسباتی بیوانفورماتیک، به مدلسازی شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین میان سکرتومهای این سه موجود با تاکید بر مسیرهای سیگنالینگ حشره پرداخته است. هدف اصلی، شناسایی گرههای کلیدی و اهداف مولکولی است که در تنظیم پاسخهای ایمنی و فیزیولوژیک میزبان در مواجهه با بیمارگر و همزیست نقش دارند. به منظور بررسی شبکۀ سه جانبۀ این ارگانیسم ها، سکرتوم از طریق گردشکارهای محاسباتی، پیشبینی و از پروتئوم جدا گردید. تعداد ۶۰۷ پروتئین برایWolbachia، ۱۳۵ پروتئین برای CLas و ۲۳۱۶ پروتئین برایD. citriشناسایی شد. پس از آنالیز غنی سازی مسیر KEGG برای یافتن نقش پروتئین های میزبان، تعداد ۲۰ پروتئین محوری (Hub) از طریق شبکه PPI درونگونهای برای کاندیدهای برهمکنش حشره میزبان تعیین شد. درنهایت شبکه برهمکنش سه جانبه میزبان-همزیست-پاتوژن از طریق پایگاه داده HPIDB و نرمافزار Cytoscape ترسیم شد. در این شبکه سه جانبه تعداد ۱۸ برهمکنش پیشبینی شد که ۶ مورد براساس امتیازات اطمینان و ارتباط بیولوژیکی آنها با مسیرهای میزبان برای تحلیل دقیقتر انتخاب شدند. این برهمکنشها به ۳ برهمکنش با اطمینان متوسط و ۳ برهمکنش با اطمینان بالا دستهبندی شدند. در نتیجه ۲ برهمکنش معنادار با امتیاز بالا با آنالیز داکینگ مولکولی و تحلیل مؤلفه اصلی، مورد بررسی قرار گرفته و تایید شدند. در نهایت مشخص شد کهWolbachia با دستکاری مسیر سیگنال دهی سیستم ایمنی ذاتی، پسیل را تحت تاثیر قرار میدهد. یافتههای این مطالعه میتواند زیربنای لازم را برای ابداع روشهای نوین مدیریتی و کنترل ژنتیکی و میکروبی این آفت و بیماری فراهم آورد.